光之战士奥特曼解除外星人与怪兽的侵略危机后离开了地球，人类迎来了欣欣向荣的时代。多年过去，危机又悄然接近，而继承了光之遗传基因的新英雄诞生了。只不过这位英雄不是当年的那位巨人了，他身穿装甲，体型和人一样。而且，他还是一位高中生。他的名字叫早田进次郎，新一代奥特曼的战斗就此拉开了序幕。

世界上发生大规模地球人消失事件，进次郎和玲奈也同时消失了。消失的进次郎和玲奈被传送到了位于卫星轨道的外星人飞船上。自由记者光太郎因为调查“消失事件”之谜知晓了太多，后来惨遭灭口。但有人不希望光太郎就这样死去，于是复活了光太郎。复活后的光太郎变成了超人。外星人恐怖组织“黑暗之星”向世界发出了声明。他们以人质为要挟，要求获得地球公民的权益。科特队为了救出人质，与“黑暗之星”的外星人展开了激烈的战斗。佐菲、杰克、艾斯也赶来帮助科特队解救人质。这一次奥特6兄弟，全员到齐！金古桥降临在涩谷大肆破坏城市。进次郎为了救出所有人质，他团结起大家的力量，众人齐心协力打败了金古桥。金古桥内部的人质也都全部成功获救。

进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。 巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并肩作战。艾德身穿自己的芝顿装甲登场，最后的危机时刻来临。进次郎也穿上了全新的装甲去迎战对手。